redbookperu facilita la consulta de los taxones incluidos en el Libro
Rojo de las Plantas Endémicas del Perú (León et al., 2006). Permite
comprobar si una lista de nombres científicos corresponde a un taxón
registrado como endémico y recuperar su información de conservación y
distribución.
El paquete conserva el nombre histórico publicado en el Libro Rojo y ofrece, cuando está disponible, el nombre taxonómico aceptado. Las búsquedas admiten nombres históricos, nombres aceptados, sinónimos y errores ortográficos menores.
Instale la versión publicada desde CRAN:
install.packages("redbookperu")
O la versión de desarrollo desde GitHub:
# pak::pak("PaulESantos/redbookperu")
install.packages("redbookperu", repos = c('https://paulesantos.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))
Luego cargue el paquete:
library(redbookperu)
## This is redbookperu 0.1.0
check_redbooklist() devuelve un estado para cada nombre enviado. Es
útil para añadir una columna de endemicidad a una tabla de trabajo.
species <- c("Aphelandra cuscoensis", "Sanchezia ovata", "Persea americana")
check_redbooklist(species, quiet = TRUE)
## [1] "endemic" "endemic" "not endemic"
#
# tibble
tibble::tibble(species = c("Aphelandra cuscoensis",
"Sanchezia ovata",
"Persea americana")) |>
dplyr::mutate(endemic = check_redbooklist(species))
## Total exact matches: 1
## Total fuzzy matches: 1
## # A tibble: 3 × 2
## species endemic
## <chr> <chr>
## 1 Aphelandra cuscoensis endemic
## 2 Sanchezia ovata endemic
## 3 Persea americana not endemic
get_redbook_data() devuelve un tibble con la información del Libro
Rojo para cada nombre consultado. Los nombres no encontrados se
conservan y sus campos de información se representan como valores
ausentes.
get_redbook_data(
c("Sanchezia ovata", "Macroclinium christensonii", "Persea americana"),
quiet = TRUE
)
## name_submitted name_subitted
## 1 Sanchezia ovata Sanchezia ovata
## 2 Macroclinium christensonii Macroclinium christensonii
## 3 Persea americana Persea americana
## accepted_name accepted_name_author accepted_family
## 1 Sanchezia ovata Ruiz & Pav. Acanthaceae
## 2 Macroclinium christensonii D.E.Benn. Orchidaceae
## 3 <NA> <NA> <NA>
## redbook_name iucn
## 1 Sanchezia capitata DD
## 2 Macroclinium christensonii CR, B1abiii
## 3 <NA> <NA>
## publication
## 1 Bull. Herb. Boissier, ser. 2, 4: 315. 1904.
## 2 Brittonia 46(3): 249 - 251, f. 13. 1994.
## 3 <NA>
## collector herbariums common_name dep_registry
## 1 A. Mathews 1230 (K) <NA> Desconocido. JU - PA
## 2 O. del Castillo ex D.E. Bennett 5160 NY. Desconocido. JU
## 3 <NA> <NA> <NA> <NA>
## ecological_regions sinampe peruvian_herbariums
## 1 BMHP, BHA; altitud desconocida. Sin registro Ninguno.
## 2 BMHM; 1800 m. Sin registro Ninguno.
## 3 <NA> <NA> <NA>
## remarks
## 1 Esta especie arbustiva es conocida de dos localidades. La colección tipo fue recolectada en la cuenca del Pangoa en el siglo XVIII. Probablemente la expansión urbana y las actividades agrícolas sean problemas para esta especie.
## 2 Esta hierba epífita es conocida sólo de la colección tipo, proveniente del valle de Chanchamayo, en una subcuenca del Perené. Esta región ha sufrido continuas reducciones de sus áreas naturales debido a la ampliación de la frontera agrícola.
## 3 <NA>
Cuando sea importante auditar una búsqueda, use match_redbook_names().
El resultado es un tibble con una fila por nombre de entrada e indica,
entre otros datos, el nombre del Libro Rojo que se encontró, el estado
de coincidencia y la distancia de edición.
match_redbook_names(
c("Sanchezia ovata", "Verbesina andinaa", "Persea americana"),
dist = 0.2
)
## input_index name_submitted input_valid invalid_reason standardized_name
## 1 1 Sanchezia ovata TRUE <NA> Sanchezia ovata
## 2 2 Verbesina andinaa TRUE <NA> Verbesina andinaa
## 3 3 Persea americana TRUE <NA> Persea americana
## redbook_id redbook_name accepted_name accepted_family
## 1 32SACA Sanchezia capitata Sanchezia ovata Acanthaceae
## 2 979VEAN Verbesina andina <NA> <NA>
## 3 <NA> <NA> <NA> <NA>
## accepted_name_author taxon_status matched_via name_update_status
## 1 Ruiz & Pav. synonym accepted_name updated_name
## 2 <NA> unplaced redbook_name historical_name
## 3 <NA> <NA> <NA> <NA>
## endemic_status match_status match_stage match_distance candidate_count
## 1 endemic exact exact_name 0 1
## 2 endemic fuzzy fuzzy_species 1 1
## 3 not_endemic no_match none NA 0
## ambiguous_candidates
## 1 <NA>
## 2 <NA>
## 3 <NA>
Las funciones que generan resultados tabulares devuelven tibbles, por lo
que se integran directamente con flujos de trabajo basados en dplyr y
tidyr.
León, B., Roque, J., Ulloa Ulloa, C., Jørgensen, P. M., Pitman, N. y Cano, A. (2006). El Libro Rojo de las Plantas Endémicas del Perú. Revista Peruana de Biología, 13(2), 9s–22s. https://doi.org/10.15381/rpb.v13i2.1782